Milevské muzeum je jedinečným místem, kde se snoubí historie, tradice i současnost. Jedním ze zásadních mezníků v existenci Milevského muzea byl rok 2013, kdy se muzeum přestěhovalo do nově zrekonstruované budovy z roku 1768, která se nachází na druhém nádvoří kláštera. Zde byly vytvořeny nové expozice, které byly slavnostně zpřístupněny dne 1. 6. 2013.
Přízemí muzea nabízí ve dvou sálech ke zhlédnutí archeologickou expozici vztahující se k dějinám města a celého regionu. Mezi zajímavosti zdejší expozice patří například dodnes fungující velké věžní hodiny z roku 1699 či americká dvacetilibrová puma, jediná nevybuchlá po americkém náletu na milevské nádraží v dubnu 1945. Jedna část expozice je také věnována siamským dvojčatům, srostlým sestrám Blažkovým, které se roku 1878 narodily nedaleko Milevska.
První patro je pojato v duchu muzea pro celou rodinu, to znamená, že každý návštěvník bez rozdílu věku a pohlaví zde najde něco zajímavého. Pro pány je zde připraven „Vojenský sál“, kde jsou umístěny zbraně od gotiky až po vojenské opakovačky z doby první světové války.
Další sál je nazván „Světnice naší babičky“ a zaujme spíše dámy. Návštěvnice muzea si zde mohou prohlédnout potřeby v domácnosti, které se v minulosti používaly. Zajímavostí expozice je milevský lidový kroj, zvaný kozácký.
Poslední sál nese název „Loutkový salónek“, který svým zaměřením přiláká především děti. Hlavním prvkem této expozice je sbírka loutek různých velikostí z celého regionu, které při barevném osvětlení vytvářejí zajímavé efekty. Ve druhém patře muzea se nachází výstavní sál, ve kterém probíhají krátkodobé výstavy obrazů či historických předmětů, které odkazují na vybrané historické události. Již tradičně se zde také každoročně koná vánoční výstava betlémů.