O Stonařově se poprvé dozvídáme v 1. polovině 13. století, kdy byl slovanskou osadou. Následně už jako městečko byl v držení mnoha rodů a od roku 1530 do roku 1848 byl Stonařov v držení města Jihlavy. V letech 1712-1722 v reakci na zvyšující se útlak jihlavské vrchnosti propukly tři vlny poddanských rebelií, vzpoura nakonec potlačena císařským vojskem. Památník bouří stojí na městečku. V roce 1750 vzrostl význam Stonařova dobudováním císařské silnice spojující Vídeň s Prahou. Dne 22. 5. 1808 se na obec a okolí snesl meteoritický déšť o počtu 200 až 300 kamenů, významný svým rozsahem a vědeckým zmapováním.
Pokud přijíždíte po páteřní cyklotrase Regionu Renesance, můžete si město a okolí prohlédnout na naučné stezce Stonařov - Údolím Jihlavky na Aleje. Průvodce otevřete pomocí odkazu mapa vlevo dole.