O Stonařově se poprvé dozvídáme v 1. polovině 13. století, kdy byl slovanskou osadou. Následně už jako městečko byl v držení mnoha rodů a od roku 1530 do roku 1848 byl Stonařov v držení města Jihlavy. V letech 1712-1722 v reakci na zvyšující se útlak jihlavské vrchnosti propukly tři vlny poddanských rebelií, vzpoura nakonec potlačena císařským vojskem. Památník bouří stojí na městečku. V roce 1750 vzrostl význam Stonařova dobudováním císařské silnice spojující Vídeň s Prahou. Dne 22. 5. 1808 se na obec a okolí snesl meteoritický déšť o počtu 200 až 300 kamenů, významný svým rozsahem a vědeckým zmapováním. Pokud přijíždíte po páteřní cyklotrase Regionu Renesance, můžete si město a okolí prohlédnout na naučné stezce Stonařov - Údolím Jihlavky na Aleje. Průvodce otevřete pomocí odkazu mapa vlevo dole.
Na nově zrekonstruovaném městečku umístěn kamenný památník pádu meteoritů. Muzeum patří do sítě expozic vzniklých v rámci projektu „Regionem Renesance nejen po stopách historie“.
Kostel sv. Václava leží uprostřed městečka na bývalém hřbitově, zrušeném roku 1878. Kostel je jednolodní, složen z presbyteria (kněžiště), lodi, z věže v západním průčelí a ze sakristie. Kostel je vystavěn z lomového kamene, klenby v lodi a presbyteriu z cihel. Současné cihelné klenby presbyteria a lodi vznikly v roce 1804, kdy došlo k celkové úpravě kostela. V dosud poměrně nedotčeném prostředí se tak nachází stavební celek skládající se z renesanční fary, barokizovaného farního kostela, barokní kaple Kalvárie a pozdně románské hřbitovní kostnicové kaple
Renesační fara
Barokní kaple Kalvárie
Stonařovská kostnicová hřbitovní kaple – karner tvoří výjimečnou památku pozdně románského stavitelství. Má podzemní prostor, který sloužil jako kostnice a horní prostor, tedy kapli, kde se konaly bohoslužby za zemřelé. Kamenná stavba se skládá z kruhové lodi a pětibokého kněžiště, střecha nese šindelovou krytinu. Ve střední části lodě je zřetelná románská figurální malba. V roce 2014 se karneru dostalo nové šindelové střechy. Stavba je v majetku církve, klíče je možno zapůjčit v nedaleké budově farního úřadu.
Dolní Jarošův rybník a krásný pohled na obec Stonařov nabízí zastavení č. 2 - Kde bydlí užovka?
Zastavení č. 3. - Nové tůně pro žáby Protipovodňová a revitalizační opatření toku Jihlávka v lokalitě bývalého Horního Jarošova rybníku
Zastaveni č.4 - U tří hrází Revitalizace říčního toku Jihlávky v lokalitě U Tří hrází + středověké osídlení při toku Jihlávky.
Zastavení č.5 - 5. Rostliny a živočichové lesního mokřadu
Lesní zámeček Aleje je 6. zastavením naučné stezky Údolím Jihlavky na Aleje.
Na 7 zastavením NS se nachází cyklomapa.
Naučná tabule věnovaná Stonařovu a okolí je 8. zastávkou naučné stezky.
Křížová cesta na Kalvárii vznikla ve 20. letech minulého století a jejími iniciátory a donátory byli pozůstalí po padlých v 1. světové válce. V roce 2014 prošla křížová cesta kompletní rekonstrukcí všech 14 zastavení (křížů) a byla vybudována přístupová stezka od hřbitova až na vrchol Kalvárie, který se stal relaxačním místem s výhledem do krajiny. Na vrcholu naleznete nově vybudovanou kapličku s replikou původní sochy sv. Anny s Ježíšem. Na křížovou cestu vás zavede od jihu i trasa stonařovské naučné stezky „Údolím Jihlávky na Aleje“, jedná se o zastavení č. 9
Na trase naučné stezky najdeme několik odpočinkových míst, a to konkrétně na zastaveních 4, 8, 9, která vznikla v rámci projektu „Cestujeme po Regionu Renesance“. V blízkosti posledního 9. zastavení naučné stezky se nacházejí venkovní fitness prvky neboli jeden z výstupů projektu „Regionem Renesance zdravě“.